【使い方】Cut Studioでデータを作成、保存したファイルを開くと、 カット設定のプロパティの設定が初期値に戻っている

これはWindowsドライバの仕様です。
Windowsドライバの各種設定はアプリケーションソフトから設定を行って保存されません。
データ毎に保存することはできませんが、よく使用されるシート幅や各種設定を保存したい場合はWindowsドライバの初期値を変更することができます。
詳しくは以下のPDFファイルをご覧ください。

 Windowsドライバの初期値を変更する方法

＜注意点＞
ここでは［Windows XP］を例としましたが、他の［Windows OS］の場合もほぼ同等の設定方法になります。
Windows NT 4.0/2000の場合はAdministratorまたはPower Userの権限が必要です。
Windows XP/2000の場合はコンピュータの管理者（Administrator）の権限が必要です。